《飞来萌宝》讲述了一个充满奇幻与温情的都市故事。平凡少女林小满原本过着简单的生活，直到某天，一个自称是她“儿子”的萌宝突然出现在她家中。小家伙不仅聪明伶俐，还掌握着许多超乎常理的知识，甚至能预知一些即将发生的事。林小满被迫踏上寻找萌宝来历的旅程，却意外卷入与冷面总裁顾淮深的纠葛。

随着调查深入，她发现萌宝竟来自未来，而顾淮深正是孩子的父亲。原来，未来的世界面临危机，萌宝穿越时空是为了阻止一场悲剧，并试图让父母重新走到一起。然而，改变命运并非易事，林小满与顾淮深从互相嫌弃到携手合作，在照顾萌宝的过程中逐渐产生微妙情感。

剧中既有萌宝带来的爆笑日常，也有悬疑烧脑的时空谜题，更有关于亲情与选择的深刻探讨。当真相浮出水面，他们必须做出决定：是顺从命运，还是为爱改写未来？