《超变武兽》承接前作剧情，讲述泰戈、卓锋、飞霓、托迪四位少年在击败火巨人整整一年后，意外收到来自战神学院的录取通知书。这所学院汇聚了各地精英，专门培养能够驾驭超变战兽的战士。初入学院，他们便被超变战神所展现的卓越能量深深震撼，也意识到自身与真正强者之间的差距。

在学院系统训练中，四人经历了体能、战术、协同作战等多重考验。泰戈的坚韧、卓锋的冷静、飞霓的灵动与托迪的乐观，逐渐融合成一支默契十足的团队。他们的个人实力不断突破，团队配合也愈发纯熟。与此同时，隐藏在黑暗世界的邪恶势力正悄然复苏，新的危机悄然逼近。少年们必须直面更强大的敌人，在磨砺中成长为真正的超变战神，守护来之不易的和平。