《地球未知档案：骸骨洞穴》将镜头对准墨西哥尤卡坦半岛错综复杂的水下洞穴系统。一支国际科研团队深入这片被海水淹没的迷宫，寻找距今约25万年的早期人类骸骨。这些遗骸不仅年代久远，其埋藏方式与伴生物更对传统人类演化谱系提出挑战。

影片跟随科学家们从水下发掘、样本采集到实验室分析的全过程，记录他们如何从破碎的骨骼与沉积物中提取关键线索，并与全球其他古人类遗址进行比对。每一次发现都可能改写教科书：这些骸骨究竟属于何种早期亲属？他们为何出现在美洲？又是什么力量将他们带入这片幽暗地底？

随着调查推进，疑问不断累积——关于迁徙路线、生存策略，乃至“身为人类”的真正定义。纪录片以严谨的科学态度与沉浸式影像，呈现一场跨越25万年的追问，让观众在黑暗洞穴中看见人类自我认知的微光。