《太监秘史》讲述清末少年毓泰的坎坷人生。13岁的他因家境贫困，被迫“净身”送入皇宫，从此失去男儿身。初入宫时，师傅哈哈李对他百般虐待，令他饱受折磨。幸得御医王恩顺同情，指点他到南府戏班学戏，才寻得一线生机。

毓泰天资聪颖，勤学苦练，很快练就一身高强武艺。一次，慈禧邀请洋人看戏，留洋归来的五格格也在场。毓泰凭借出色表演引起众人注意，命运迎来转机。然而深宫之中，权力倾轧、人心险恶，毓泰在挣扎中求存，在屈辱中成长，一步步揭开宫廷生活的残酷真相。