《神秘失踪的船》是一部以解放战争时期为背景的剧情片，故事围绕一艘载有重要军需药品的货船展开。宋庆龄通过海外华侨筹集到一批急需的药品，秘密安排运往国内支援解放事业。然而，当船只航行至东海海域时，却离奇失踪，音讯全无。

消息传回后，我党中央高度重视，立即派出人员展开查找。与此同时，国民党方面也得知了船只失踪的消息，出动海、陆、空军力量前往相关海域搜寻，双方都在争分夺秒地寻找这艘神秘消失的船。

随着调查深入，真相逐渐浮出水面。原来，这艘药品船在航行途中被舟山群岛一带的海盗劫持，为首者是海盗司令方大雨。海盗们并不知晓箱中装载的是药品，误以为是一批价值不菲的军火，因而将船扣下。

影片通过这一失踪事件，展现了各方势力的角逐与博弈，也刻画了特殊年代里围绕物资运输展开的惊险斗争。药品能否安全找回，海盗的误解又将如何收场，成为贯穿全片的核心悬念。