《何处是巧克力山》以菲律宾保和岛标志性的巧克力山为背景，讲述了一个融合本土传说与现代困境的奇幻故事。少年阿罗尔生活在山脚下的村落，世代守护着关于山丘的神话。一次偶然，他在干涸的溪床中发现了一块刻有古老纹路的石片，石片在月光下能映出观看者内心最真实的渴望。

然而，一家外来开发公司看中了这片土地，计划将山丘改造成豪华度假村。公司代表夺走了石片，试图利用它的力量谋取私利。随着石片离开原地，巧克力山的褐色草丘开始失去标志性的色泽，山间的雾气也变得浑浊，村里的老人说这是山灵发怒的征兆。

阿罗尔在隐居山中的神秘老妇伊娜的指引下，得知石片是山灵与先民订立的契约信物，唯有在月圆之夜将石片归位，才能恢复山丘的生机。他必须穿越被迷雾笼罩的密林，躲避开发商的追捕，并在传说中通往山灵居所的洞穴中完成归还仪式。影片在现实与奇幻的交织中，探讨了土地归属、文化记忆与少年成长的主题。