《疑犯追踪第二季》由J.J. Abrams与Bryan Burk担任制片，延续第一季的高智商犯罪预防主线。开篇Finch被神秘黑客Root绑架，她痴迷于“机器”并试图赋予其自由意志，迫使Reese与Carter、Fusco在失去核心指挥的情况下独立行动。

本季引入前CIA特工Sameen Shaw，她以高效冷酷的作风成为团队新战力。机器不断输出“无关号码”，每集围绕潜在受害者或加害者展开调查，同时主线逐步揭示Root的阴谋与机器自我意识的边界。

团队在纽约街头与黑帮、腐败政客及高科技罪犯周旋，还要应对“政府相关号码”带来的致命威胁。Finch的过去与机器的秘密被进一步挖掘，Reese的救赎之路也面临新考验。季终高潮中，Root的行动迫使众人重新思考人与机器的关系，为后续剧情埋下深刻伏笔。