《机动战士高达UC》以宇宙世纪0096年为舞台，在“夏亚的叛乱”结束三年后，地球圈维持着脆弱的和平。故事从工业殖民地“工业7号”的一场秘密交涉展开：由地球联邦暗中操控的“比斯特财团”打算将最高机密“拉普拉斯之箱”移交给新吉恩残党军“袖付”。

少年巴纳吉·林克斯因缘际会卷入这场纷争，意外启动白色独角兽高达，成为掌握“拉普拉斯之箱”关键的人物。他与神秘少女奥黛丽·伯恩一同面对联邦军与袖付双方势力的追捕，逐步揭开被尘封的百年真相。

作品延续高达系列对战争与和平的思考，以精良的机体设定与紧凑的剧情推进，展现少年在宏大历史洪流中的成长与抉择。