《机动战士Z高达》承接《机动战士高达》一年战争终结后七年的世界。吉恩公国虽已战败，但部分军事势力仍未降伏，持续在各地与地球联邦军发生军事冲突。地球联邦军内部，以追杀吉恩残余份子为名、强力主张激进排他政策的泰坦斯（Titans）结成，并对宇宙住民实施强硬血腥的镇压，激起强烈反抗。反地球联邦组织奥古（A.E.U.G.）由此成立，与泰坦斯展开对抗。

故事主角卡缪·维丹是一名生活在殖民卫星的少年，因与泰坦斯军官发生冲突而卷入战火，目睹泰坦斯的暴行后毅然加入奥古，并阴差阳错夺取高达Mk-II，成为奥古的核心战力。随着战局扩大，奥古、泰坦斯与吉恩残党阿克西斯等势力在政治与军事的漩涡中激烈碰撞，卡缪在残酷战斗中逐渐觉醒为新人类，直面战争的悲剧与人性的希望。