《中学圣日记》讲述25岁的末永圣在乡村中学担任语文老师，与未婚夫异地相恋，生活看似平稳。然而首次担任班主任后，她遇见了比自己小11岁的学生黑岩晶。晶的率真与孤独触动了圣内心深处的柔软，两人之间逐渐萌生出超越师生界限的情感。

圣在婚约与道德约束中痛苦挣扎，晶却以少年特有的执着勇敢靠近。这段禁忌之恋很快被周围人察觉，学校、家庭与社会的压力接踵而至。圣必须面对教师职责与个人情感的冲突，晶也要承受成长带来的阵痛。剧集细腻刻画了两人在爱与责任间的抉择，以及周围人各自的立场与挣扎。随着事件发酵，圣与晶的关系走向未知，而这段经历也让彼此在伤痛中学会面对真实的自己。