《地球百子第五季》将故事推进到重返地面五年后的新阶段。克拉克与幸存者们建立起了相对稳定的营地，而小oHeda领导的地表部族也逐步与天空人达成脆弱同盟。然而，一次对废弃军事设施的勘探中，众人发现大战前美国国防部建造的海底智能化基地因备用能源自动激活而重新运转。这座基地不仅储存着大量战前科技与武器，还隐藏着针对地表幸存者的自动防御程序。

随着基地系统逐步觉醒，资源争夺迅速激化。部分天空人主张强行夺取基地控制权，地表部族则担忧重蹈天幕辐射时代的覆辙。与此同时，基地内部的人工智能开始向幸存者发送加密信号，暗示其核心数据库中存有改变人类命运的关键信息。信任危机在联盟内部蔓延，克拉克必须在旧世界科技反噬与新势力逼近之间找到平衡，否则百子们用牺牲换来的和平将再次崩塌。