《英雄第三季》紧接第二季结尾，Peter在Hiro帮助下成功摧毁了致命病毒，Hiro将Adam Monroe送回过去，世界看似重归平静。但短暂的安宁很快被打破，一股更强大的威胁浮出水面。本季以“恶人”为主线，讲述一群拥有超能力却走向歧途的角色逐渐集结，与原有英雄阵营形成激烈对抗。

剧情围绕多条线索展开：Nathan被枪击后神秘复活，却发现自己卷入一场更大的阴谋；Sylar在失去能力后试图寻找新的身份，却被迫面对自己黑暗的过去；Claire在发现自己的身世真相后，与养父HRG的关系面临严峻考验。与此同时，Hiro回到过去试图修正历史，却意外改变了未来走向。

本季引入了更多超能力者，包括能操控恐惧的Maury Parkman、拥有超强学习能力的Daphne等。英雄们必须团结一致，在信任与背叛、牺牲与救赎之间做出艰难抉择。随着“恶人”计划的逐步揭露，一场关乎人类命运的终极对决拉开序幕，每个角色都将为自己的选择付出代价。