《木棉花的秋天》以南方小镇为背景，讲述了少女林秋棉在木棉花盛开的季节里经历家庭变故与青春迷茫的故事。父母离异后，秋棉随母亲搬回外婆家，面对陌生的环境和疏远的父亲，她内心充满抵触与不安。在学校里，她结识了开朗的转学生陈小北，两人从误会到成为挚友，共同面对校园生活的挑战与欢笑。

随着剧情推进，秋棉逐渐发现母亲隐藏的辛酸与外婆沉默的关爱，也开始理解父亲离开的苦衷。一场突如其来的家庭危机让她被迫成长，学会用宽容化解心结。木棉花落尽时，秋棉在友情与亲情的支撑下走出阴霾，勇敢追寻自己的绘画梦想。全剧以温暖治愈的基调，呈现少年人在离别与重逢中收获勇气的成长历程，最终迎来属于自己的秋天。