《木棉袈裟》以明朝末年为背景，朝纲混乱，锦衣卫横行霸道，而少林寺僧人则扶危济贫、匡扶正义，成为百姓心中的依靠。锦衣卫头目王澄视少林为眼中钉，设计派得力手下祁天远化名金天远，潜入少林寺，企图从内部瓦解这一正义力量。

祁天远武艺高强，心机深沉，进入少林后表面潜心修行，实则暗中布局，伺机夺取寺中圣物木棉袈裟。少林弟子慧能天性纯良，在师父和同门的教导下苦练武功，逐渐察觉到金天远的异常举动。与此同时，锦衣卫在外部不断施压，少林面临内外夹击的危局。

影片通过慧能与祁天远之间正邪较量，展现了少林武学的博大精深和少林弟子坚守信念、不畏强权的精神。慧能在磨难中成长，最终识破阴谋，以精湛的少林功夫击败强敌，保住了木棉袈裟，也守住了少林寺的尊严与正义。全片动作场面硬桥硬马，充满传统武侠片的刚烈气质。