《小白菜奇案》取材于清末震惊朝野的杨乃武与小白菜冤案。清同治十二年十月，浙江余杭镇豆腐店伙计葛品连突然暴病身亡，知县刘锡彤因听闻举人杨乃武与葛妻毕秀姑往来密切，便先入为主认定二人通奸毒杀亲夫，严刑逼供之下屈打成招。

案件历经县、府、省多级审理，因官官相护屡屡维持原判，杨乃武与毕秀姑身陷囹圄、命悬一线。家属不断上控京城，案情逐渐引起朝中关注，最终在多方力量推动下开棺验尸，真相得以昭雪。

全剧以缜密推理还原这桩扑朔迷离的晚清奇案，展现冤案背后错综复杂的官场生态与人情冷暖。