《医妃难囚第三季》延续前作的高能剧情，兰若溪为化解东临危机，冒险以暗卫身份救走中毒的热布风巽，却因此被南炎世子热布哈迪认定为叛贼，押赴刑场等候问斩。生死关头，太医对热布风巽所中之毒束手无策，兰若溪凭借精湛医术获得一线生机，被迫留在热布哈迪身边为热布风巽解毒。

治疗期间，热布哈迪从最初的敌意与怀疑，逐渐被兰若溪的聪慧、倔强与仁心所吸引，两人在一次次危机中关系悄然变化。兰若溪一面周旋于南炎宫廷的权谋暗涌，一面追查毒源真相，同时还要应对身份暴露的风险。医者仁心与儿女情长交织，她能否在重重困局中解毒救人、化解恩怨，成为本季最大看点。