《超能太监》以明末乱世为背景，将科幻元素融入历史缝隙。公元1664年三月十八，闯王李自成率大顺军攻破北京，明王朝覆灭，崇祯帝煤山自缢，宫中留下惠妃与公主两位弱女子。被阉割后意外获得超能力的太监大宝，奉命照顾她们，三人由此踏上寻找大宝丢失“宝贝”的荒诞旅程。

影片以公路片结构展开，一路遭遇追兵、乱军与奇人异事。大宝凭借超能力屡次化险为夷，惠妃与公主也在颠沛中逐渐成长。故事在科幻设定与历史背景间制造反差笑料，同时埋下温情线索：大宝对“完整”的执念，实为对尊严与归属的渴望。

随着旅程深入，三人关系从主仆变为患难同伴，大宝的超能力也面临失控危机。最终他们在一场混战中做出抉择，以荒诞方式收束这段乱世奇遇。影片用喜剧外壳包裹小人物命运，在科幻想象中映照人性温度。