小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降，并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此展开。

在旅途中，他们遇见了被称作“机巧宝可梦”的玛机雅娜，它拥有神秘的力量，却成为邪恶势力觊觎的目标。为了夺取玛机雅娜体内的“魂心”，野心家贾维斯操控着巨大的飞行要塞发动袭击，威胁着阿佐特王国乃至整个地区的和平。

波尔凯尼恩始终守护着玛机雅娜，而小智则用真诚与勇气逐渐打动了它。面对强敌，小智与波尔凯尼恩、皮卡丘并肩作战，最终解开锁链的束缚，也解开了彼此的心结。影片围绕信任、友情与守护展开，展现了人与宝可梦之间深厚的情感羁绊。