《猿人军团》讲述一场意外将三名现代人抛入被猿类统治的未来世界。低温生化学研究所的科学家泉和子和参观者榊次郎、ユリ卡因地震被困冷却睡眠装置，在冬眠状态下被送往遥远未来。苏醒后，他们发现地球已被猴子支配，人类社会几近消亡。

猿国之内并不平静：大猩猩派主张保护残余人类，黑猩猩派则坚持彻底灭绝，两派对立激化，内乱一触即发。泉和子等人在这片陌生而危险的土地上遇到幸存的青年戈德，四人结伴同行，一边躲避战乱，一边追查人类灭亡的真相。旅途中，他们逐渐揭开猿类社会的权力结构，也直面人类自身留下的谜团。影片以科幻设定包裹冒险旅程，在猿国纷争中展开对文明与生存的追问。