《死神先生2》延续第一季的设定，主角仪藤坚谷（堤真一饰）继续在警视厅“特别搜查对策室”工作，专门负责重新调查已结案的案件。这个部门被视为警方的“垃圾场”，专门收容不听话的刑警，但仪藤却凭借敏锐的洞察力和不屈的意志，逐一揭开被刻意掩埋的真相。

本季中，仪藤与搭档千代崎（石田百合子饰）以及新人刑警日野（细田佳央太饰）组成调查小组，面对一系列看似完美结案的案件：从伪装成自杀的谋杀，到被掩盖的冤案，再到涉及高层警官的腐败案件。每起案件都牵扯出警方内部的黑暗面，仪藤不得不在体制的夹缝中寻找突破口。

与此同时，仪藤自身的过去也逐步浮出水面。他为何被调离原部门？他与千代崎之间复杂的关系背后隐藏着什么秘密？随着调查深入，一个跨越多年的阴谋逐渐显现，仪藤必须在揭露真相与保护同伴之间做出抉择。本季剧情更加紧凑，案件设计更加精巧，在悬疑推理之外，深入探讨了正义与体制的冲突。