15年前，旧金山核电站发生了一场诡异的地震，工程师乔伊·布罗迪亲眼看着妻子在事故中丧生，却坚信那不是天灾，而是某种巨大生物苏醒所致。他的儿子福德长大后成为海军拆弹专家，试图摆脱父亲的“疯狂执念”，过上平静的家庭生活。

然而，真相终于浮出水面。一只以核辐射为食的远古寄生怪兽穆托在菲律宾矿场孵化，随后飞往美国本土。与此同时，沉眠于深海的食物链顶端掠食者——哥斯拉，也循着穆托的踪迹苏醒。军方发现，所有核武器对这两只巨兽都毫无作用，人类引以为傲的武力在自然之力面前形同虚设。

福德被迫重返旧金山，与父亲的研究成果并肩作战。他必须协助军方找到穆托的巢穴，并在怪兽的毁灭性战斗中保护家人。哥斯拉并非人类的敌人，而是维持自然平衡的古老守护者。当巨兽在都市废墟中展开史诗对决时，福德也终于理解了父亲15年来的坚持。影片以震撼的视觉奇观，重新定义了怪兽电影的宏大格局。