《机动战士高达NT》是高达系列宇宙世纪时间线的重要作品，故事设定在U.C.0097年，“拉普拉斯事变”终结之后。两架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解，人类似乎正逐渐走出战争的阴影。然而，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，它拥有颠覆世界的力量，立刻成为各方势力争夺的焦点。

主角约拿·巴修塔曾是强化人少年兵，与战友米谢儿、莉塔共同经历过残酷实验与战场悲剧。莉塔在事故中消失，被认为与“凤凰”存在神秘联系。为了追回“凤凰”，约拿与米谢儿加入联邦军特殊部队，与试图夺取“凤凰”的吉翁残党及神秘组织展开激战。影片通过高速机动战斗与Newtype感应冲突，深入探讨强化人制度的非人道，以及少年少女被战争吞噬的哀伤宿命。最终，“凤凰”的去向与莉塔的灵魂归宿，成为对战争与救赎的沉重追问。